1、企业要与代理记账公司签订正式的委托代理合同：一些高新企业研发专项机构和委托企业没有签订正式的委托代理合同，对于各种相应的权利和履行的义务规定不明确，在工作中产生矛盾时，责任纠缠不清。因此企业在选择代账记账公司的时候，要严谨一点。2、企业要找有代理记账资质的代理记账公司合作：有些高新企业研发专项机构没有市财政局批准的代理记账许可证和与记账会计相对应的会计上岗证等，如果发生问题就逃避或推卸责任，损害委托企业的利益。所以企业选择代理记账时必须先要了解清楚。

1、代理各个税种的纳税申报，代理企业纳税情况自查及清算各种税款业务;2、代理企业整体税务安排、投资项目税收评估，代理制作涉税文书。3、建立企业纳税核算体系用办税制度，为企业设计财务制度。 4、协助企业进行股份制改及企业间兼并、收购工作，代理设计经营管理制度。 5、为企业提供报表分析，提供其他管理建议。 6、委托人要求的其他常年代理业务。

年度税务审计：对客户一个以上纳税年度内的纳税情况进行全面复核，揭示出其中的纳税风险并提供补救措施;并购税务尽职调查：高新企业研发专项机构根据委托对并购目标企业以往的纳税情况进行全面审计，并出具独立、客观的纳税风险评估报告，为客户进行并购决策提供分析依据，降低并购行为的风险;清算税务审计：代理高新企业研发专项对清算企业以往的纳税状况进行全面复核，针对存在的问题提出具有针对性的补救方案;其他专项税务审计及涉外税务审计：根据客户其他的特定需要进行复核与审计，以避免纳税风险。

1、记账报税的地区差异；一般情况下经济越发达的城市，代理高新企业研发专项费用可能越高，如果在北京不同区之间记账报税费用有所区别，一线城市的代理记账费用自然要高一些。2、记账报税的计费形式；代理高新企业研发专项都是按月收费和按年计费区别，客户一次性缴纳一年的费用比较划算。3、记账报税的纳税规模；同一家代理记账公司，根据客户其纳税规模收取的费用是不一样的。对一般纳税人收取的费用比对小规模纳税人收取的费用要高。根据这些，企业可以初步的了解到当地代理记账的收费标准。